Lipoedeem wordt meestal zichtbaar aan het eind van de puberteit. Het uit zich vooral aan de onderbenen, heupen, dijen, binnenkant van de knieën en in mindere mate de onderarmen. Opvallend is het ontbreken van zwelling aan de hand- en voetrug. Dit is wel aanwezig bij lymfoedeem en veneus oedeem. Bij lipoedeem voelt de huid in de eerste jaren zacht aan. In de loop van de tijd treden, vooral als er sprake is van overgewicht, veranderingen in het onderhuidse vetweefsel op. De huid wordt stugger en onregelmatiger.

Als gevolg hiervan kan er zwelling ontstaan die door vocht wordt veroorzaakt. In tegenstelling tot andere vormen van oedeem kunnen bij lipoedeem geen deukjes in de huid worden gedrukt. Bij lipoedeem kunnen aan de dijbenen kleine putjes ontstaan, in de volksmond ‘sinaasappelhuid’ of ‘cellulitis’ genoemd. Door een verhoogde kwetsbaarheid van de haarvaatjes in het vetweefsel kunnen bloeduitstortingen eerder optreden. Een koud gevoel, vooral van de onderbenen, is een andere veel gehoorde klacht. Lipoedeem moet worden onderscheiden van lymfoedeem.

Bij lymfoedeem is pijn een weinig voorkomende klacht. Als lipoedeem lang bestaat, ontstaan er vaak bijkomende klachten. Alleen met lichamelijke inspanning, oefeningen, actief zijn en een goed dieet, kan een patiënt deze bijkomende klachten proberen te voorkomen of te beperken. Vaak komt men in een negatieve spiraal, waardoor juist veel spierzwakte en overgewicht kunnen ontstaan. Hierdoor verergert lipoedeem en kan er later vochtophoping bij ontstaan (lipo-lymfoedeem). Lymfoedeem begint meestal eenzijdig, lipoedeem altijd tweezijdig. Bij lymfoedeem treedt tevens zwelling op van de voet (hand), bij lipoedeem niet. Een bloeduitstorting na een klein letsel treedt bij lymfoedeem zelden op, dit in tegenstelling tot lipoedeem.